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Les Bérets Verts ont été parmi les premières forces impliquées dans la guerre d'Afghanistan. Le 5th SFG, déployé en Ouzbékistan forma le noyau d'une force opérationnelle appelée « Task Force Dagger », chargée de combattre les talibans en soutenant l'Alliance du Nord. Pour ce faire, elle infiltra des A-teams en Afghanistan chargées d'établir le contact entre les chefs de guerre anti-talibans et le United States Central Command (CENTCOM), de conseiller leurs forces et de les appuyer, notamment en guidant des frappes aériennes. Cette campagne de guerre non conventionnelle fonctionna mieux que prévu et le régime des talibans tomba 49 jours après l'infiltration des premiers A-teams, les Américains n'ayant engagé au sol qu'une force réduite comptant notamment 316 hommes.
Les SF sont depuis continuellement engagés en Afghanistan contre les rébellions anti-gouvernementales. Lors d'un raid dans la vallée de Shok le 6 avril 2008, l'ODA 3336 (Team 6, Company C, 3rd Battalion, 3rd Special Forces Group) et un groupe de commandos afghans affrontèrent des insurgés du Hezb-e-Islami Gulbuddin pendant plus de six heures, pendant lesquelles ils estimèrent avoir tué 150 ennemis. Dix des Américains furent médaillés de la Silver Star.
Les SF participèrent largement à l'« Opération liberté irakienne » avec le déploiement au quasi complet des 5th et 10th SFG. Le 5th SFG et d'autres forces spéciales infiltrèrent l'ouest de l'Irak en venant de Jordanie, se rendant maîtres d'aéroports et surveillant les voies de communications. Des troupes du 10th SFG furent parachutées au nord de l'Irak où elles prirent contact avec les rebelles kurdes Peshmerga en compagnie desquels elles lancèrent des offensives contre les troupes irakiennes et contre un groupe sunnite extrémiste proche d'al-Qaïda, l'Ansar al-Islam. Comme en Afghanistan, les SF sont depuis présents en Irak pour la reconstruction de l'armée irakienne et dans les opérations de contre-insurrection.
Le 30 mai 2007, 11 hommes de l'ODA 074 (Team 4 MFF, Company A, 3rd battalion, 10th Special Forces Group) effectuèrent un saut HALO pour capturer un terroriste dans un village irakien. Le village était isolé et un réseau de guetteurs empêchait une approche par la terre. L'infiltration HALO et l'assaut furent réussis mais la personne cible de l'opération n'était pas là.